Bis zum 15. Juni 1938 erfolgte 2 km westlich der Ortschaft Groß Hesepe die Einrichtung eines Strafgefangenenlagers. Es wurde für 1.000 Häftlinge konzipiert. Strafgefangene sind hier jedoch nicht mehr eingewiesen worden.
Ein bemerkenswerter Vorgang vollzog sich noch im gleichen Jahr. Im August wurde angeordnet, daß aus dem Bereich der 15 Emslandlager sofort 12.000 Gefangene und Material für Baracken ins Saarland und Umgebung zu verlegen sind. Die Häftlinge sollten dort beim Ausbau des Westwalls eingesetzt werden. Daraufhin wurden in Groß Hesepe sieben Baracken abtransportiert. Nach der Annexion des Sudetengebietes in der Tschechoslowakei im Oktober 1938 wurde die Verlegung gestoppt und Häftlinge und Material wieder ins Emsland zurück verlegt. Das Lager in Groß Hesepe ist danach bis zum Juni 1939 wieder neu aufgebaut worden.

Den Komplex übernahm nach Ausbruch des II. Weltkrieges im September 1939 das Wehrkreiskommando VI aus Münster. Es richtete in Groß Hesepe ein Kriegsgefangenenlager ein. Organisatorisch wurde es als Zweiglager dem Mannschaftsstammlager (Stalag) VI C Bathorn unterstellt.
Nach dem Überfall auf Polen sind in Groß Hesepe zunächst gefangene Soldaten der Polnischen Armee eingetroffen. Für sie war der Ort jedoch nur ein Durchgangslager, nach kurzem Aufenthalt wurden sie in andere Standorte und Arbeitskommandos weitergeleitet. Ihnen folgten im Sommer 1940 französische Kriegsgefangene.
Zum Spätsommer 1941 trafen schließlich sowjetische Gefangene ein. Sie erlitten hier die schlechteste Behandlung. Dem Kalkül der Nazis entsprechend, wurden die Menschen unterversorgt weitgehend ihrem Schicksal überlassen. Später sind sie zu arbeiten im Moor eingeteilt worden, unter anderem im Heseper Torfwerk, das sich nördlich des Lagers befindet.
Nach der Unterzeichnung des Waffenstillstandsvertrages Italiens mit den Alliierten kamen Ende 1943 fast 2.200 internierte italienische Soldaten ins Lager Groß Hesepe. Auch sie erfuhren eine äußerst schlechte Behandlung, da sie von den Nazis als Verräter betrachtet wurden.
Sowohl unter den sowjetischen als auch unter den italienischen Kriegsgefangenen kam es zu zahlreichen Toten. Sie wurden auf dem gut zwei Kilometer südlich gelegenen Lagerfriedhof des Zweiglagers Dalum beerdigt.
Mit der Eroberung des Gebietes durch kanadische Verbände im April 1945, folgte auch für die Gefangenen des Zweiglagers Groß Hesepe die Befreiung.

 Ab 1945: 
Bereits Ende der 1940er Jahre wurde die Liegenschaft zu einer Strafanstalt umgewandelt. Sie trug nun den Namen „Abteilung Groß Hesepe“ der Justizvollzugsanstalt Lingen. Als Unterkünfte dienten zunächst weiter die alten Baracken des ehemaligen Stalags. Das änderte sich erst 1972, nachdem bei einem Brandunglück in einem Betrieb auf dem Gelände außerhalb der JVA auch Gefangene ums Leben kamen. Nun durften die Holzbaracken aus Sicherheitsgründen nicht mehr als Unterkünfte verwendet werden.
Während der folgenden Jahre entstanden diverse moderne Funktionsgebäude an Stelle der alten Holzbauten. Trotzdem blieben einzelne historische Bauen stehen, unter den ehemaligen Kriegsgefangenenlagern im Emsland ist Groß Hesepe heute der Standort mit den meisten historischen Überbleibseln.
Die Justizvollzug-Einrichtung hat derzeit eine Kapazität von 331 Strafgefangenen.

 Zustand: 
Der größte Teil des ehemaligen Lagergeländes ist für die Justizvollzugsanstalt mit moderneren Gebäude überbaut worden. Es befinden sich aber noch verschiedene historische Baracken auf dem Areal. Auch vor dem heutigen Haupttor der JVA sind ein paar Bauten des Emslandlagers erhalten geblieben.

 Zugang: 
Das Gelände der JVA darf nicht betreten werden.