Aber auch der neue Zivilflugplatz fiel der Militarisierung des III. Reiches nach kurzer Zeit wieder zum Opfer. Am 27. August 1939 übernahm die Luftwaffe die Anlage, um hier einen weiteren Fliegerhorst einzurichten. Der neue Militärflugplatz erhielt den Decknamen "Weißkohl".
Es wurden diverse Erweiterungen vorgenommen. Am Nordrand des Flugfeldes entstanden zwischen Bienrode und Waggum Splitterschutzboxen und ein Einschießstand für Bordwaffen. Östlich davon, direkt am Rande von Waggum, baute man weitere Hallen und Werkstätten. Im Süden ist entlang der Autobahn die spätere Tannenberg-Kaserne mit Verwaltungs- und Unterkunftsblocks gebaut worden. Östlich abgesetzt wurden am Waldrand weitere Abstellmöglichkeiten für Flugzeuge geschaffen, darunter ein größerer Hangar.
Für die Versorgung mit Kraftstoff hatte man eine Verbindung zur Treibstoffleitung hergestellt, die vom Hafen am Mittellandkanal in Thune zum Lufttanklager Ehmen verlief. Zur Täuschung bei gegnerischen Bombenangriffen ist 5 km nordöstlich bei der Ortschaft Grassel ein Scheinflughafen angelegt worden. Auf der anderen Seite der Autobahn errichtete die Wehrmacht ab 1938 die Husaren-Kaserne.
Im Januar 1940 wurde in Waggum die Segelflugschule der Luftwaffe aufgestellt. Der Verband war mit Junkers Ju 52 sowie Lastenseglern DFS 230 ausgerüstet. Er verlegte im September nach Neuhausen. Nachfolger in Braunschweig wurde bis 1942 die III. Gruppe des Luftlandegeschwader 1, wieder eine Truppe, die mit Lastenseglern ausgestattet war. In der folgenden Zeit befanden sich im ständigen Wechsel verschiedene Einsatzverbände und auch Flugzeugführerschulen auf dem hiesigen Flugplatz. Dadurch waren die unterschiedlichsten Flugzeugmuster in Waggum zu sehen, von der leichten Schulmaschine bis zum großen Bomber.
Der Flugplatz blieb trotz Bombardierungen bis zum Kriegsende aktiv. Am 12. April 1945 besetzten Einheiten der US Army die Stadt und den Flugplatz.

 Ab 1945: 
Vereinbarungsgemäß übergaben die USA am 5. Juni 1945 Braunschweig an die Briten. Von denen sind die rein militärisch genutzten Einrichtungen des Flugplatzes Waggum abgerissen worden. Der Luftverkehr lag vorerst brach.

Anfang der 1950er Jahre gaben die Alliierten zunächst den Segelflug wieder frei. Am 5. Mai 1955 wurde auch der Motorflug wieder erlaubt. Für den Flugplatz Waggum folgte gleich danach die Zulassung als Verkehrslandeplatz.
Die Voraussetzungen für Flugverkehr in Braunschweig waren nun aber deutlich ungünstiger als noch vor dem Krieg. Früher lag die Stadt recht zentral, nun war sie durch die geringe Entfernung zur innerdeutschen Grenze von 30 km in eine Randposition geraten. Erschwerend kam hinzu, daß am 10. September 1957 von der NATO die Air Defence Identification Zone (ADIZ) eingerichtet wurde. Diese war ein Streifen entlang der Grenze zum Warschauer Pakt, in den auch Braunschweig fiel. Hier bestand eine intensive Radar-Überwachung jeglicher Flugbewegungen um schnellstmöglich auf Verletzungen des Luftraumes durch gegnerische Kräfte reagieren zu können. Für den Flugbetrieb in Waggum bedeutete das erhebliche Auflagen und Einschränkungen. Da diese die Entwicklungsmöglichkeiten zu stark beschränkten, konnte am 10. Februar 1958 die Ausklammerung des Flugplatzes aus der ADIZ erreicht werden.
Die ursprüngliche Frequentierung konnte ohnehin nicht wieder erreicht werden, dafür bekam Waggum eine neue überregionale Bedeutung. Der Bundesminister für Verkehr entschied, das Luftfahrtbundesamt (LBA) hier anzusiedeln. Am 1.5.1955 nahm das Amt im rechten Flügel des Empfangsgebäudes seinen Dienst auf. Heute sitzt das LBA in einem 1998 errichteten modernen Gebäude auf dem ehemaligen Kasernengelände. An Stelle des Institutes für Luftfahrtmeßtechnik und Flugmeteorologie richtete das Deutsche Zentrum für Luft- und Raumfahrt (DLR) neue Institute ein.

Der Kasernenbereich am Südrand des Flugfeldes wurde von der Bundeswehr übernommen und wieder zur Unterbringung von Truppen genutzt. Während des Kalten Krieges lag hier für längere Zeit als Teil der in Braunschweig stationierten PzBrig 2 (früher PzGrenBrig 2) deren Nachschubkompanie 20. Außerdem war der direkt dem I. Korps in Münster unterstellte Spezialverband Fernspähkompanie 100 von 1973 bis 1986 in der Tannenberg-Kaserne beheimatet. Letzter militärischer Nutzer der Anlage war ab 1986 das PzBtl 23.
Im Rahmen der Abrüstung nach Ende des Kalten Krieges wurde die Kaserne aufgegeben. Im November 1991 hatte die Bundeswehr die Liegenschaft geräumt. Auf dem Areal wurden die Blocks nun zivil genutzt, dazu sind einige neue Bauwerke entstanden.

Für den Flugbetrieb ist am 31. Oktober 1967 eine asphaltierte Startbahn von 1.200 m Länge in Betrieb genommen worden. Sie wurde später auf 1.680 m verlängert. Inzwischen hat ein weiterer Ausbau auf 2.300 m begonnen. Außerdem stehen parallel eine 900 m Grasbahn und ein 950 m Segelflugstreifen zur Verfügung. Finanziert wurden die Ausbauten zum Teil von der Volkswagen AG. Sie hat in Braunschweig die konzerneigene Flugzeugflotte stationiert, Wolfsburg ist lediglich 20 km entfernt.
Die hauptsächlichen Nutzer des Flughafens waren früher Flugsportvereine und Hobbypiloten. Auch die akademische Fliegergruppe der Technischen Universität Braunschweig ist hier aktiv. Vor der Wiedervereinigung Deutschlands hatte Waggum auch für Berlin eine besondere Bedeutung. Sportpiloten aus der Metropole konnten dort wegen des Viermächte-Abkommens nicht fliegen. Für sie war Braunschweig der am schnellsten zu erreichende Flugplatz, einige Berliner hatten hier ihr Flugzeug stationiert.
Seit 1990 besteht der Flugverkehr überwiegend aus kommerziellem Verkehr von örtlichen Firmen, Institutionen und Behörden.

 Zustand: 
Der Regionalflughafen Braunschweig-Waggum weist noch heute an vielen Stellen Originalbauwerke aus den 1930er Jahren auf. Allein das Empfangsgebäude mit, wie früher vielerorts üblicher, Besucherterrasse direkt am Flugfeld ist sehenswert. Auch im Bereich der ehemaligen Tannenberg-Kaserne sind zahlreiche Bauten in gutem Zustand zu finden.

 Zugang: 
Das Areal des heutigen Verkehrsflughafens darf nicht betreten werden. Die Randbereiche, einschließlich der ehemaligen Kaserne, sind aber frei zugänglich.

 Hinweis: 
Der Flughafen ist im Internet vertreten:
http://www.flughafen-braunschweig.de
Das Luftfahrt-Bundesamt ebenfalls:
http://www.lba.de