Inzwischen war beim Bauvorhaben Flugplatz nicht mehr nur von einem Arbeitsplatz die Rede, nun sollte das Objekt ein Einsatzhafen werden. Das Flugfeld wurde gerodet und planiert. Bald kamen die Arbeiten jedoch zum Erliegen. Nach Beginn des II. Weltkrieges ist die Flugzeugführerschule aus Stade abgezogen worden. Und mit dem Einmarsch der Wehrmacht in die westeuropäischen Länder entfiel der Bedarf für einen weiteren Flugplatz im Reichsgebiet.
Ob das weitgehend fertiggestellte Flugfeld gelegentlich angeflogen wurde, ist nicht belegt. Die Lager sind aber während des Krieges teilweise von Ausbildungseinheiten belegt worden.
Der Einsatzhafen Heidenau blieb bis zum Kriegsende ein unvollendeter Flugplatz. Im April 1945 eroberten Britische Truppen das Gebiet und besetzten auch Heidenau.

 Ab 1945: 
Von den Alliierten sind in den Heidenauer Lagern zunächst befreite Kriegsgefangene der Roten Armee versorgt worden. Anschließend dienten die Baracken zur Unterbringung von Displaced Persons.
Im Juli 1956 wurde die Bundesdienstflagge im Hauptlager von Heidenau gehißt. Das Grenzschutzkommando Nord aus Hannover verlegt die Grenzschutz-Bauabteilung Nord von Hamburg-Harburg hierher. Die bisher in Harburg genutzte Kaserne mußte an die neu aufgestellte Bundeswehr übergeben werden. Der Bundesgrenzschutz-Verband war vom Aufgabenspektrum mit den Pionieren der Bundeswehr vergleichbar. Ab 1957 lautete die Bezeichnung der Dienststelle Technische Grenzschutzabteilung Nord. Der BGS blieb bis 1962 in Heidenau. Im Mai des Jahres verlegte man in eine neu errichtete Kaserne nach Winsen (Luhe).
Kurzzeitig übernahm die Bundeswehr die hiesige Liegenschaft. Das Wehrbereichskommando II aus Hannover brachte hier die Ausbildungskompanie Territorialverteidigung im Wehrbereich II unter. Die Einheit bildete Reservisten in 4-wöchigen Lehrgängen für ihre jeweiligen Mobilmachungs-Verwendungen aus. Bis wann diese Nutzung andauerte, ist nicht belegt.

Nachdem die Liegenschaften aufgegeben worden sind, erfolgte der Abriß der Bauten. Lediglich das Wasserwerk blieb erhalten. Auf der Fläche des Hauptlagers wurden in den folgenden Jahren diverse neue Wohnhäuser errichtet.

Bei Planungen für einen Flugplatz ist Heidenau Ende der 1950er Jahre wieder ins Gespräch gekommen. Die norddeutschen Bundesländer beabsichtigten für einige Zeit, einen gemeinsamen großen Zentralflughafen aufbauen zu wollen. Schleswig-Holstein schlug den Standort Kaltenkirchen vor. Von Bremen kam der Vorschlag Bederkesa. Das ehemalige Militärgelände südlich Heidenau schließlich war eine Idee der Hamburger CDU. Letztendlich wurde jedoch kein gemeinsamer Standort realisiert.

 Zustand: 
Heute ist als historisches Bauwerk nur noch das Wasserwerk des Hauptlagers erhalten. Die geebnete Fläche des Flugfeldes ist noch erkennbar. Vom Nordlager und vom Südlager ist nichts mehr erhalten.